常用于配制核酸分析凝胶，例如用于DNA或RNA电泳的琼脂糖凝胶等。常使用TAE或TBE作为电泳液。
琼脂糖凝胶的浓度和DNA电泳的分辨率及理想的电泳液参考下表。对于分辨率要求不高时，使用TAE(Tris-乙酸EDTA缓冲液)
和TBE(Tris-硼酸EDTA缓冲液)均可；对于分辨率要求比较高时，较低浓度的胶有利于提高大分子量核酸的分辨率，此时宜使用TAE；而较高浓度的胶有利于提高小分子量核酸的分辨率，此时宜使用TBE。

配制琼脂糖凝胶时容易暴沸，需注意防止烫伤。